La historia de la Congregación en Paraguay se inicia en el año 1965 con la llegada de las Hermanas Margarita Fernández +, Teodora Lucio + y Pura Fernández a la nunciatura apostólica desde la provincia de España.
La nunciatura fue la puerta de entrada de la congregación al Paraguay. Además de atender a las necesidades de esa diplomática, las hermanas fueron estudiando las diversas posibilidades para abrir una nueva comunidad en el Paraguay. Este trabajo dio sus frutos en poco tiempo. Al año siguiente, en el 1966, tres nuevas hermanas estaban haciendo sus maletas en la piel de toro para llegar al corazón de América.
La nueva comunidad se establecería en Puerto Presidente Franco, departamento del Alto Paraná. Y las tres hermanas que llegaron eran Francisca Elorza +, María del Puerto Fernández y Rosario Bonilla. Su trabajo se centró en la escuela parroquial Verbo Divino. La escuela era una humilde construcción de madera, al igual que la casa. Con el tiempo y mucha paciencia esa escuelita llegará a ser lo que ahora es la escuela Sagrados Corazones.
En ese mismo año (1966) llegaron los primeros hermanos de la congregación. P. José Gabanes, P. Gonzalo Páramo + y P. Saturnino Juez +. En un principio la nunciatura tenía previsto que la congregación asumiera una misión en lo que ahora es Saltos del Guariá. Pero la zona no reunía las condiciones para una misión. Los hermanos solicitaron al Arzobispado de Asunción una parroquia. Se nos confió la Parroquia una parroquia nueva que se llamó y se llama Sagrados Corazones. Que en ese entonces tenía sólo unos pequeños lugares de culto, entre los que destacaba Salvador del Mundo. Con el tiempo se fueron fortaleciendo o formando otros (San Pedro, San Juan, San Miguel, Virgen de la Paz, Grupo habitacional Aeropuerto y el Templo Parroquial Sagrados Corazones.
Al poco tiempo llegó el P. Luis Domingo + que trabajo muchos años en el Paraguay antes de regresar a España por problemas de salud. Los Padres alquilaron una casa en la Calle Molas López casi aviadores del Chaco y se dedicaron a ir dando estructura a la parroquia. En ese tiempo era una zona bastante popular y con una población en aumento. A esta pareja se les sumó años después el P. Juan Antonio Lucas que trabajará en la parroquia y se introducirá en la labor docente universitaria.
Las Hermanas empezaron a dar clases en la cochera de la casa de los Padres. De ese modo se inició lo que ahora es el Centro Educativo Sagrados Corazones. En 1968 las hermanas compraron el terreno donde está actualmente ubicado el colegio y abrieron una nueva comunidad en él.
En el 1970 las hermanas abren una casa en Ciudad Presidente Stroessner (actual Ciudad d

el Este) para casa de Formación muy cerca del obispado. Los hermanos de la congregación asumirán entonces la parroquia Ntra. Sra. de Fátima de Presidente Franco en donde se encontraban ya las hermanas y a la que se ayudaba desde Asunción. En el 1980 las casa de formación de las hermanas (noviciado) se traslada de Ciudad Presidente Stroessner al barrio asunceno de Ñu Porâ. En el 1987 la casa de formación de los hermanos se traslada del barrio San José al de Ñu Porâ, a pocas cuadras de la casa de formación de las hermanas. En el 1989 se incorpora a la Región José Ramón Torre - Marín.
En 1990 los hermanos dejan la que fue su primera obra en el Paraguay, la parroquia Sagrados Corazones y se abre una segunda casa de formación para los religiosos jóvenes. En Febrero de ese año profesan los primeros religiosos paraguayos de la congregación (Eligio López, Maximino Peña, Miguel Ángel Castro y Cesar Zárate) y otros jóvenes van para el noviciado. En Di

ciembre del 90 José Ramón Torre - Marín se ordena de presbítero.
En el 1993 se incorpora a la Región Antonio Vega y en el 1994 los hermanos asumen la parroquia de Santa Catalina en la ciudad de Fernando de la Mora.
En el año 1995 se incorpora a la Región el P. Alberto Pereda y el P. Juan Antonio Lucas, expulsado en el 1985 del Paraguay regresa desde Argentina.
En el 1996 se ordena el primer sacerdote paraguayo de la congregación (Miguel Ángel Castro) y al año siguiente se ordenó Maximino Peña.
En 1998 las hermanas abren una comunidad de inserción en el bañado sur, una zona inundable donde sus habitantes viven principalmente del basural de la Laguna Cateura a
las faldas del cerro Lambaré.

El 6 de Marzo del 2000, la Región del Paraguay tiene que vivir una prueba muy dura con la muerte, en un accidente de ómnibus, fallece el hermano José Lorenzo Báez Benítez, a los dos días de su profesión perpetua. También fallecieron Mario, Juana, Heidy y Claudia Laicos chilenos con los que Lorenzo trabajaba en Chile, donde realizaba sus estudios. Junto a ellos fallecieron 25 personas más. Y es asi que con la ayuda y el recuerdo de Lorenzo incia el recorrido de la Comunidad Misionera SS.CC.